Inazuma Eleven: Aratanaru Eiyuu-tachi no Joshou opowiada o przygodach Sasanami Unmeia, który przenosi się do gimnazjum Nagumohara w Nagasaki, z nadzieją, że odnajdzie szkolne życie bez piłki nożnej. Pomimo swojego pragnienia, by piłka nożna zniknęła z jego życia, spotyka Endou Haru, utalentowanego gracza, który również ma skomplikowane uczucia względem tej dyscypliny sportowej. Ich niespodziewane spotkanie staje się zaczątkiem historii nowych bohaterów.