Po pełnych emocji Mistrzostwach Świata Juniorów, Matsukaze Tenma wraca do szkoły Raimon, marząc o dalszych piłkarskich przygodach. Jednak ku jego zaskoczeniu, piłka nożna w ogóle nie istnieje w szkole, a jego koledzy całkowicie zapomnieli o istnieniu tej dyscypliny sportu. Wkrótce Tenma poznaje tajemniczą organizację, Studium Omega, której celem jest zatarcie piłki nożnej w dziejach ludzkości poprzez manipulowanie czasem. Razem z niezwykłymi sojusznikami oraz podróżnikami w czasie, Tenma i jego towarzysze wyruszają w fascynującą podróż przez różne epoki historyczne, aby ochronić ukochany sport przed groźnym zagrożeniem. Łącząc typową dla Inazuma Eleven ekscytującą akcję, humor oraz dramatyczne momenty, „Inazuma Eleven Go: Chrono Stone” to pełna emocji podróż śladami przyjaźni, determinacji oraz walki o swoją pasję przeciwko samemu upływowi czasu.