„Initial D Second Stage” to kolejna odsłona ekscytujących wyścigów samochodowych, w których głównym bohaterem jest Takumi Fujiwara. Młody kierowca, na fali imponujących zwycięstw, staje się nową gwiazdą street racingu. Jednak jego pewność siebie jest zagrożona przez nową drużynę – Emperor, używającą Mitsubishi Lancer Evolution, czyli Lan Evo, ulubionego modelu wielu profesjonalnych kierowców wyścigowych. Lider drużyny Emperor, Kyouichi Sudou, lekceważy Takumiego, uważając go za gorszego kierowcę ze względu na jego staroświeckie auto. Czy Takumi uda się utrzymać swoją nieskazitelną passę zwycięstw w starciu z doświadczonym i technologicznie zaawansowanym zespołem Emperor?