Ichika Orimura, jedyny chłopak na świecie zdolny pilotować bojowe egzoszkielety Infinite Stratos (IS), kontynuuje swoją edukację w międzynarodowej Akademii IS otoczonej dziewczętami, które dostrzegają w nim idealnego partnera i rywala. Podczas gdy Ichika stara się sprostać codziennym szkolnym obowiązkom oraz rosnącemu zainteresowaniu ze strony koleżanek, pojawiają się nowe wyzwania: tajemnicza organizacja o niejasnych zamiarach stanowi coraz większe zagrożenie. Bohater i jego przyjaciółki – utalentowane pilotki egzoszkieletów – muszą stawić czoła zagadkowym przeciwnikom i rozwikłać tajemnice związane z technologią IS. „Infinite Stratos 2” to kontynuacja pełna humoru, dynamicznych pojedynków, romantycznych nieporozumień oraz elementów science-fiction, ukazana na tle futurystycznej szkoły skoncentrowanej wokół potężnych mechów bojowych.