Minato Sahashi to sympatyczny, lecz pechowy chłopak, który kolejny raz oblewa egzamin wstępny na uniwersytet. Jego zwyczajne życie gwałtownie się zmienia, gdy przypadkiem spotyka piękną dziewczynę o imieniu Musubi, będącą przedstawicielką tajemniczej rasy istot zwanych Sekirei. Musubi wybiera Minato jako swojego „Ashikabi”, partnera, z którym będzie musiała walczyć przeciwko innym Sekirei podczas brutalnego turnieju zwanego „Planem Sekirei”. W Tokio, gdzie sekretna organizacja decyduje o losach tych istot, Minato odkrywa, że posiada tajemniczą więź nie tylko z Musubi, ale także z innymi Sekirei. Bohater musi szybko przystosować się do pełnej niebezpieczeństw rzeczywistości, chroniąc swoje partnerki przed nadchodzącym konfliktem. Sekirei to mieszanka akcji, komedii romantycznej i fanservice’u, która ukazuje walkę o przetrwanie, lojalność i rozwój emocjonalnych więzi w burzliwej codzienności.

