Szesnastoletni Yukito Kirihara prowadzi zwyczajne życie ze swoją czternastoletnią siostrą Saną, którą kocha ponad wszystko. Ich spokojna codzienność zostaje brutalnie przerwana, gdy przed ich oknem pojawia się ogar, szukający Sany. W odruchu desperacji Yukito rzuca się, by ją chronić – i ginie. Tajemnicza kobieta oferuje mu jednak drugą szansę: możliwość reinkarnacji w innym świecie, gdzie otrzymuje własną kartę postaci w zagadkowej księdze. Gdy odkrywa, że Sana również została wciągnięta do tego świata, postanawia ją odszukać i uratować. W nowej rzeczywistości, pełnej niebezpiecznych lochów i śmiertelnych potworów, Yukito posiada jednak tylko jeden punkt życia. Uzbrojony w spryt oraz determinację, wyrusza na najszybszą i najtrudniejszą wyprawę swojego życia, balansując na granicy śmierci i wykorzystując każdą szansę, by ponownie spotkać ukochaną siostrę. „Isekai Munchkin” to pełna adrenaliny przygoda łącząca elementy fantasy, dramat rodzinny oraz motywy typowego „speedrunu” przez świat pełen magii i niebezpieczeństw.
