„Just Because!” to historię kilku uczniów ostatniej klasy szkoły średniej, którzy stoją przed kolejnym etapem swojego życia – maturą. Wśród nich jest Mio Natsume, dziewczyna obciążona uczuciami z przeszłości; Hazuki Morikawa, członkini orkiestry szkolnej, ale oddalona od reszty; i Haruto Souma, sportowiec zafascynowany baseballiem. Tymczasem Ena Komiya, uczennica drugiej klasy, dąży do przywrócenia dawnej świetności klubu fotograficznego. Mimo braku silnej więzi między tymi postaciami, ich życie niespodziewanie przeplata się z przybyciem nowego ucznia przeniesionego w trakcie ostatniego semestru szkoły.
Eita Izumi, który z powodu pracy swojego ojca nie mógł zbyt długo zagrzać miejsca w jednym miejscu, wraca do rodzinnego miasta na ostatni semestr szkoły średniej. Jego niespodziewane pojawienie się przerywa beztroskie dni swoich kolegów i kończy się odnawianiem dawno zapomnianych więzi. Wszystko wyraźnie wyłania się w ich gorzko-słodkim ostatnim semestrze.