Świat zmienił oblicze za sprawą pojawienia się tajemniczych kreatur zwanych Smokami, które sianiem zniszczenia wprawiły ludzkość w panikę. Wkrótce potem przyszło pokolenie dziewcząt z nadprzyrodzonymi mocami, zwanych „D”, które swoją potęgą na zawsze miały odmienić historię konfliktu.

Głównym bohaterem historii jest Yuu Mononobe, chłopak będący jedynym mężczyzną wśród obdarzonych wyjątkową mocą. Ku swojemu zdziwieniu zostaje zmuszony do przeniesienia się do Midgar—specjalnej akademii stworzonej w celu trenowania dziewcząt „D” w kontroli nad ich zdolnościami. Yuu trafia w sam środek świata pełnego niezwykłych dziewcząt, z którymi będzie musiał współpracować, by skutecznie stawić czoła zagrożeniu ze strony Smoków. Wkrótce odkrywa sekrety przeszłości, a także to, jak bardzo jest powiązany z tą wojną. „Juuou Mujin no Fafnir” oferuje opowieść pełną akcji oraz dramatów rozgrywających się w szkolnej scenerii, ze szczyptą romansu i humoru.