„Kabukichou Sherlock” to anime, które przenosi nas do Kabukichou, tętniącej życiem i nasyconej neonowymi światłami dzielnicy Shinjuku. John H. Watson, pracownik szpitala uniwersyteckiego, poszukuje kogoś, kto mógłby mu pomóc w rozwiązaniu nietypowego przypadku. Trop prowadzi go do Pipe Cat, podziemnego baru będącego miejscem spotkań najlepszych detektywów w Shinjuku, a wśród nich – Sherlocka Holmesa. John dowiaduje się, że prowadzą oni śledztwo dotyczące seryjnego mordercy – Jacka Rozpieracza. Początkowo chce tylko skorzystać z pomocy Sherlocka, ale w rezultacie sam zanurza się w środowisko detektywistyczne, rozwiązując zagadki wykraczające poza zdolności zwykłych obywateli. Przy tym zaczyna dostrzegać prawdziwą naturę chaotycznego miasta, próbując jednocześnie rozwiązać zagadkę własnego przypadku.