Keroro i jego kompani znów wpadają w tarapaty, kiedy pewnego dnia natrafiają na tajemniczą księżniczkę z głębin oceanu imieniem Meru. Meru, władczyni podmorskiego królestwa, prosi drużynę Keroro o pilną pomoc w uratowaniu jej świata, znajdującego się w wielkim niebezpieczeństwie. Wraz z przyjaciółmi, Keroro wyrusza na niezwykłą przygodę do nieznanych, podwodnych krain, gdzie czekają na nich nie tylko nowe przyjaźnie, ale także liczne przeszkody i groźny wróg, którego celem jest zniszczenie podmorskiej cywilizacji. W charakterystycznym dla serii humorystycznym i lekkim tonie, bohaterowie muszą wykazać się odwagą, determinacją i współpracą, aby ocalić podwodne królestwo oraz ich nową przyjaciółkę. Czy sierżant Keroro i jego oddział zdołają ocalić morze przed kataklizmem?
