Akcja anime toczy się w epoce przed słynną Wojną Jednoroczną, w czasach narastających napięć między Ziemią a zbuntowanymi koloniami kosmicznymi. Historia koncentruje się na młodości i losach jednego z najbardziej znanych antagonistów sagi Gundam—Charze Aznable’u, jeszcze przed tym, jak zasłynął jako „Czerwona Kometa”. Jako młody człowiek uwikłany w polityczne intrygi, Char przemierza swoją własną drogę ku zemście i sile, kształtując swoją legendarną tożsamość. Seria przedstawia przyczyny stojące za wojną, emocjonalne wybory bohaterów oraz konflikty, które kształtują ich przyszłość. Kidou Senshi Gundam: The Origin – Zenya Akai Suisei oferuje widzowi realistyczny i poważny pokaz dramatów wojennych i moralnych dylematów, które są rdzeniem świata Gundam.