Wkrótce po zakończeniu dramatycznych wydarzeń w Sektorze Thunderbolt, wojna między Federacją Ziemską a resztkami Księstwa Zeonu wcale się nie uspokaja. W drugiej sezonie „Kidou Senshi Gundam: Thunderbolt” historia toczy się w mrocznym, pełnym napięcia uniwersum, naznaczonym kosmicznymi starciami oraz głębokimi konfliktami etycznymi. Io Fleming z Federacji oraz Daryl Lorenz z Zeon — dwóch zdolnych pilotów, którzy przez wojnę stracili bliskich oraz części samych siebie — kontynuują swoją bezlitosną rywalizację, walcząc o przetrwanie i własne ideały. W otoczeniu niepewnych sojuszy, technologicznego wyścigu zbrojeń oraz dramatycznych decyzji moralnych, ich losy znów się zderzają. Seria charakteryzuje się przytłaczającym klimatem wojennego dramatu, wysokim realizmem technologicznym oraz intensywnymi scenami walk mechów.
