Minęło osiem miesięcy od zakończenia wyniszczającej Wojny Jednorocznej. Pomimo oficjalnego zawieszenia broni, napięcia między Ziemską Federacją a resztkami Zeonu pozostają wysokie. Federacja tworzy specjalną jednostkę Spartan, której zadaniem jest schwytanie i przejęcie technologii pozostałej po Zeonie. Pośród trwających operacji wojskowych Io Fleming, pilotujący nowoczesnego Gundama Atlas, otrzymuje kolejną misję specjalną. Tymczasem Daryl Lorenz z resztek armii Zeonu, zmuszony mierzyć się z własną przeszłością, podejmuje walkę, by bronić swoich ideałów. Stając po przeciwnych stronach tego kruchego pokoju, obaj piloci muszą skonfrontować swoje przekonania z rzeczywistością brutalnej wojny. Kidou Senshi Gundam Thunderbolt: Bandit Flower to dramatyczna i pełna napięcia opowieść przedstawiająca ciemniejszą stronę konfliktu oraz cenę, jaką płacą ludzie w walce o przetrwanie.