Akcja rozgrywa się niedługo po wydarzeniach z Mobile Suit Gundam Unicorn, gdy ruiny stacji kosmicznej Axis stają się celem tajemniczych działań. Federacja Ziemska wysyła dwóch byłych członków sił Zeonu—mechanika Arlette Almage oraz pilota Dantona Hylega—aby dokładnie zbadać opuszczoną bazę. Ich zadaniem jest odkrycie sekretów pozostawionych w cieniu przeszłości Axis oraz ustalenie, czy stanowią zagrożenie dla delikatnego pokoju, jaki nastał po wojnie. Wkrótce stają się celem ataku nieznanych jednostek, uruchamiając dramatyczną walkę, w której dawne lojalności, nowe cele i osobiste demony splatają się ze sobą. Kidou Senshi Gundam: Twilight Axis – Akaki Zanei przedstawia mroczną i pełną napięcia historię, ukazującą zmagania dawnych przeciwników z dziedzictwem wyniszczającej wojny oraz cienką linię pomiędzy pokojem a kolejnym konfliktem.