Akcja „Kidou Senshi Gundam: Twilight Axis” rozgrywa się po wydarzeniach z serii „Mobile Suit Gundam Unicorn”, gdy Federacja Ziemska wysyła grupę zwiadowczą, aby zbadać opuszczoną bazę asteroidową Axis. Fabuła skupia się na Arlette Almage – byłej inżynierce Neo Zeonu – oraz jej towarzyszu Dantonie Hylegu, byłym żołnierzu, którzy zostają wciągnięci w niebezpieczną misję inspekcji opuszczonej placówki. Ich celem jest zabezpieczenie danych i technologii pozostawionych po wcześniejszych konfliktach. Odkrywają jednak, że Axis nie jest całkowicie bezpieczne i ktoś jeszcze interesuje się dawną bazą. W atmosferze politycznych intryg, napięcia i zagubienia bohaterów na tle chaosu powojennego okresu, seria przedstawia dramatyczną walkę o ukrytą technologię, ukazując skutki wojny i moralne dylematy swoich bohaterów.
