„Bliźniacy Megumu i Mitsuru Kobayashi uczęszczają do dwóch różnych szkół – jednej tylko dla dziewczyn, drugiej tylko dla chłopców. Pewnego dnia, znudzeni swym własnym towarzystwem płci, postanawiają zamienić się miejscami. Choć ich podstęp na początku wydaje się niewykrywany, sytuacja komplikuje się, gdy pojawia się możliwość romantycznej relacji.
'Kobayashi ga Kawai sugite Tsurai!!’ zaczyna się od szczerego wyznania miłosnego Megumu, które prowadzi do pocałunku z starszym kolegą Aoi Sanada, podczas gdy jest przebrana za swojego brata. Aoi, który nigdy nie radził sobie dobrze z dziewczynami, zaczyna się zastanawiać, czy może lubi chłopców. Z kolei Mitsuru natrafia na wyniosłą królową szkoły, Azusę Tokugawę, w sytuacji, która przyspiesza jej bicie serca. Obie pary są zakochane, ale sekret zamienionych tożsamości bliźniaków nie został jeszcze ujawniony…”
