„Komi-san wa, Comyushou desu. 2nd Season” to kontynuacja przygód Shouko Komi, której celem jest zdobycie stu przyjaciół. Z pomocą swojego klasowego kolegi, Hitohito Tadano, Komi nieustannie dąży do realizacji swojego celu. Zimą ich klasę zasila Makoto Katai, który pomimo groźnego wyglądu, tylko pragnie nawiązać znajomości z rówieśnikami. W miarę poznawania nowych osób i budowania relacji, związek Komi i Tadano zaczyna ulegać zmianie – mimo wszystko, niekoniecznie na gorsze.