„Koukaku Kidoutai Arise: Ghost in the Shell – Border:1 Ghost Pain” to anime osadzone w roku 2027, rok po zakończeniu czwartej wojny bez użycia broni jądrowej. Nowe Portowe Miasto wciąż odczuwa skutki wojny, kiedy dochodzi do bombardowania spowodowanego przez samobieżną minę. W tym samym czasie dochodzi do zabójstwa członka wojska zamieszanego w korupcję związaną z handlem bronią. Podczas śledztwa Daisuke Aramaki spotyka Motoko Kusanagi, cyborga-hakera o niewiarygodnych zdolnościach, który jest częścią tajnej jednostki wojskowej 501. Podejrzewany jest o bombardowanie, podczas gdy Togusa, detektyw z Niihama, prowadzi swoje śledztwo dotyczące strzelaniny i morderstwa prostytutki. Tymczasem Motoko jest obserwowana przez Kurutsu, szefa jednostki 501 i jego cyborgów.