„Koukaku Kidoutai Arise: Ghost in the Shell – Border:2 Ghost Whispers” to drugi film z serii „Ghost in the Shell: Arise”. Po zwolnieniu z obowiązków w Organizacji 501, Motoko Kusanagi musi nauczyć się przyjmować rozkazy od Aramakiego. Kiedy ktoś włamuje się do Logicomas, Batou zwraca się o pomoc do byłego oficera wywiadu wojskowego Ishikawy i eksperta od artylerii powietrznej Borma. Kusanagi stara się również zwerbować do nowego Sekcji Bezpieczeństwa Publicznego 9 strzelca wyborowego Saito i tajnego policjanta Paza. Obie grupy konkurują ze sobą w sprawie mężczyzny, który otrzymuje fałszywe wspomnienia o operacji transportu uchodźców.