„Kunoichi Tsubaki no Mune no Uchi” to historia o Tsubaki, pochodzącej z klanu kobiecych ninja ukrytych w głębokim lesie. Młode uczennice przestrzegają surowego kodeksu, z którego najważniejszym prawem jest: nigdy nie wchodzić w interakcje z mężczyznami, którzy są zbyt niebezpieczni, aby im zaufać. Jako liderka zespołu Dog, Tsubaki wykonuje wiele obowiązków. Pomimo że jest utalentowaną uczennicą, zaczyna dziwnie reagować, gdy pojawia się temat mężczyzn. Nieświadoma tajemniczych uczuć, które pojawiły się w jej sercu, rosnąca ciekawość Tsubaki zaczyna zakłócać jej zdolność do pracy.