„Love Hina Again” to kontynuacja przygód Keitaro, który w końcu zdaje egzaminy wstępne na Toudai. Po doznaniu wypadku podczas ceremonii rozpoczęcia nauki, Keitaro decyduje się na zmianę swoich celów i wyrusza w podróż za granicę, by zająć się archeologią razem z Setą. Jednak podczas jego nieobecności, pensjonat Hinata pogrąża się w chaosie. Na scenę wkracza Kanako, siostra Keitaro, która ogłasza się nową gospodynią pensjonatu i zaczyna sprzeciwiać się wszystkim lokatorom. Sytuacja komplikuje się, gdy dochodzi list od Keitaro…