Po ucieczce z Muzeum Wspomnień, Sayaka Miki powraca do Mitakihary z niepokojącymi wieściami. Jej odkrycia zmuszają Madokę Kaname i Homurę Akemi do konfrontacji z prawdą o losie czarodziejek. Razem z Sayaką, pomimo okrutnych realiów swojego przeznaczenia, wyruszają z zamiarem uratowania Mami Tomoe i odkrycia tajemnicy istnienia magicznych dziewcząt.
Tymczasem w Kamihama City, Yachiyo Nanami poszukuje wskazówek na temat zaginionej Irohy Tamaki. Trop prowadzi ją do Hotelu Fendt Hope, siedziby organizacji Wings of Magius, która skrywa własne, mroczne plany. Zdeterminowana, by odnaleźć dawną drużynę, Yachiyo staje do walki z rozrastającym się zagrożeniem, które może pogrążyć cały świat.
Drugi sezon Magia Record: Mahou Shoujo Madoka☆Magica Gaiden ukazuje desperacką walkę o prawdę i nadzieję, zanurzoną w atmosferze tajemnicy i narastającego niebezpieczeństwa.
