Takeshi Nanase jest zwyczajnym licealistą o niezbyt szczęśliwym życiu domowym. Pewnego dnia, przypadkiem trafia na dziewczynę imieniem Mui Aiba, uczennicę magicznej akademii, która właśnie toczy walkę przeciwko swym przeciwnikom. W wyniku tego spotkania Takeshi sam zostaje obdarzony zdolnościami magicznymi, mimowolnie wciągnięty w konflikt między dwiema zwaśnionymi frakcjami magów, które od dawna prowadzą ukrytą wojnę. Wraz ze swoimi przyjaciółmi chłopak rozpoczyna naukę w szkole magów, próbując opanować nowo zdobyte umiejętności, zrozumieć zasady świata magii i ochronić tych, na których mu zależy. „Mahou Sensou” to wypełnione akcją fantasy, koncentrujące się na walce o dominację, przyjaźni i odkrywaniu prawdy w tajemniczym świecie pełnym nadprzyrodzonych mocy.