Dziesięć lat po wydarzeniach z poprzedniej serii, Nanoha Takamachi, Fate Testarossa oraz Hayate Yagami dojrzewają, stając się doświadczonymi magami w strukturach Time-Space Administration Bureau (TSAB). Jako dowódcy nowo utworzonej jednostki specjalnej – Riot Force 6, stają przed zadaniem szkolenia kolejnego pokolenia młodych magów oraz radzenia sobie z coraz bardziej zaawansowanymi zagrożeniami magicznymi. Główną bohaterką pozostaje Nanoha, obecnie pełniąca rolę instruktorki i mentorki, która pragnie zapewnić bezpieczeństwo światu poprzez niezawodną i sprawną pomoc młodym rekrutom. W centrum wydarzeń znajdują się nowi podopieczni Riot Force 6, którzy muszą poradzić sobie z własnymi słabościami, rywalizacją oraz rosnącymi napięciami między magicznymi i technologicznymi siłami. Seria przyjmuje nieco poważniejszy i bardziej taktyczny ton niż poprzednie sezony, ukazując proces dorastania postaci, pogłębione wątki relacji międzyludzkich oraz emocjonalne wyzwania, jakie niesie ze sobą wykorzystanie wielkiej mocy i odpowiedzialność za innych.