Po tym, jak Nanoha Takamachi odnajduje spokój po wydarzeniach związanych ze zbieraniem mistycznych Klejnotów, nowe zagrożenie pojawia się w mieście Uminari. Młoda czarodziejka ponownie musi stanąć do walki, kiedy tajemnicza grupa wojowników atakuje w celu zdobycia nieznanej, potężnej energii. Tym razem rywale zdają się mieć równie silne motywy i głębokie racje moralne, które zmuszają Nanohe do podjęcia trudnych decyzji w walce o ochronę przyjaciół oraz świata, który pokochała.

„Mahou Shoujo Lyrical Nanoha A’s” rozwija tematykę magicznych pojedynków i lojalnej przyjaźni, wprowadzając jednocześnie bardziej dramatyczne, emocjonalne akcenty niż sezon pierwszy. Akcja zawiera spektakularne bitwy, znaczącą rozwój postaci oraz refleksję nad naturą dobra i zła. Gatunkowo tytuł łączy fascynującą stylistykę magical girl z intensywnymi scenami akcji, utrzymując poważniejszy i dojrzalszy ton niż wcześniejsze epizody serii.