„Mardock Scramble: The Second Combustion” to intensywna druga część serii „Mardock Scramble”, w której główna bohaterka, Rune Balot, walczy o swoje życie i próbuje ocalić ciężko ranionego Oeufcoque. W dobie zagrożenia na ich pomoc przybywa Doktor Easter w specjalnym pojazdzie Humpty Dumpty. Razem udają się do Paradise – miejscu, gdzie powstała technologia Scramble 09, która odgrywa kluczową rolę w serii. Rune musi dokonać trudnego wyboru: czy szukać sprawiedliwości dla siebie, czy starać się o utrzymanie pokoju w Paradise.