Miki Koishikawa to zwyczajna licealistka, której spokojne życie zostaje nagle wywrócone do góry nogami po niespodziewanej decyzji jej rodziców o rozwodzie i ponownym małżeństwie z inną parą. W wyniku tej nietypowej sytuacji, Miki musi zamieszkać pod jednym dachem z czwórką rodziców oraz uroczym synem drugiej pary, Yuu Matsuura. Początkowo zirytowana dziwnymi zmianami dziewczyna wkrótce odkrywa, że Yuu, choć wydaje się spokojny i uprzejmy, skrywa w sobie wiele tajemnic. Wraz z rozwojem relacji między nimi, Miki zaczyna odczuwać pierwsze poważne uczucia, ale ich niezwykła sytuacja rodzinna powoduje, że droga do prawdziwej miłości jest pełna humoru, dramatycznych zwrotów i trudnych emocji. „Marmalade Boy” to pełna ciepła historia o miłości, przyjaźni i dojrzewaniu, pokazująca, jak skomplikowane potrafią być relacje rodzinne oraz jak zaskakujące i słodko-kwaśne bywa młodzieńcze życie.

