W świecie przyszłości ludzkość utraciła niemal wszystko podczas wyniszczającej inwazji tajemniczej obcej rasy. Mieszkańcy Ziemi, którzy ocaleli, żyją w ukrytych miastach, nieświadomi prawdy o tragicznej wojnie oraz zagładzie świata poza ich enklawami.
Historia skupia się na Yamato Ichidzie, młodym chłopaku, który wraz ze swoimi przyjaciółmi z dnia na dzień zostaje wciągnięty w dramatyczne starcia walczącego o przetrwanie społeczeństwa. Wraz z innymi wybranymi młodymi pilotami Yamato zasiada za sterami potężnych robotów bojowych znanych jako „Musashi”, stanowiących ostatnią szansę ludzkości przeciwko najeźdźcom.
„Megaton-kyuu Musashi” to pełna akcji seria opowiadająca o odwadze, przyjaźni oraz walce o przyszłość całej planety. W obliczu bezwzględnego wroga bohaterowie muszą przezwyciężyć własne słabości i odnaleźć realne znaczenie heroizmu.
