W czasach, gdy ludzkość skolonizowała kosmos, potężne korporacje rządzą wszechświatem poprzez wpływy gospodarcze oraz zaawansowaną technologię mobilnych pancerzy nazywanych Gundamami. Młoda dziewczyna, Suletta Mercury, przybywa z odległej planety Merkury do prestiżowej szkoły technologicznej prowadzonej przez Grupę Benerit. Jako pierwsza dziewczyna pilotująca Gundama, nazywana jest tajemniczą „wiedźmą” i natychmiast staje się celem uwagi oraz podejrzeń. Suletta musi zmierzyć się z rywalizacją, politycznymi intrygami oraz uprzedzeniami ze strony swoich rówieśników, podczas gdy w tle narasta konflikt o władzę między wpływowymi korporacyjnymi dynastiami. „Kidou Senshi Gundam: Suisei no Majo” opowiada historię pełną akcji, technologicznych pojedynków i konfliktów moralnych, poruszając kwestie dyskryminacji, tożsamości oraz cenę, jaką płaci się za postęp technologiczny w dalekiej przyszłości.
