Shinichi Kudou to utalentowany nastolatek, którego niezwykłe zdolności detektywistyczne przyniosły mu przydomek „meitantei” (wielki detektyw). Pewnego dnia podczas wizyty w parku rozrywki dochodzi do tragicznego w skutkach incydentu – Shinichi zauważa podejrzaną sytuację i śledzi dwóch tajemniczych mężczyzn. Zauważony przez napastników, zostaje przez nich zaatakowany i pod wpływem eksperymentalnej substancji jego ciało gwałtownie się zmniejsza do postaci dziecka.
Przybrawszy nową tożsamość jako Conan Edogawa, Shinichi zamieszkuje u swojej przyjaciółki Ran Mouri i wspiera jej ojca, niezbyt skutecznego detektywa Kogorou, prowadząc śledztwa i potajemnie rozwiązując zagadki kryminalne. Chociaż Conan szuka sposobu na odzyskanie normalnej postaci, wciąż musi uważać, by nie zdradzić swojej prawdziwej tożsamości niebezpiecznej organizacji, która stoi za jego sytuacją. Opowieść pełna jest tajemnic, napięcia i humoru, które sprawiają, że stanowi zarówno doskonałe wprowadzenie dla nowych miłośników Detektywa Conana, jak i ciekawe rozwinięcie dla wieloletnich fanów serii.
