Podczas publicznych ćwiczeń na pokładzie niszczyciela Aegis w Zatoce Maizuru, na których pojawia się Conan Edogawa, Ran Mouri, Kogorou Mouri, Sonoko Suzuki oraz grupa Detektywów Juniorów, atmosfera nagle gęstnieje – odnalezione zostaje odcięte ramię jednego z oficerów. W tle krąży cień obcego szpiega, który próbuje wykradać tajne dane militarne Japonii. Gdy bezpieczeństwo kraju staje pod znakiem zapytania, a linia obrony może zostać bezpowrotnie naruszona, Conan wraz z policją morską oraz przyjaciółmi działającymi na lądzie rozpoczyna desperacką walkę z czasem. Zagadka na otwartym morzu, napięta atmosfera wojskowej tajemnicy oraz ryzyko międzynarodowego konfliktu sprawiają, że „Zekkai no Private Eye” to pełen suspensu kryminał, w którym stawką staje się przyszłość całego narodu.
