W współczesnym Tokio istnieje pewna miejska legenda—tajemniczy pociąg „Miracle Train” krążący niepostrzeżenie po linii metra Oedo. Nie przewozi jednak zwyczajnych pasażerów, lecz pojawia się wyłącznie przed kobietami, które mają jakikolwiek problem lub troskę. Młodzi mężczyźni stanowiący personifikacje poszczególnych stacji Oedo, eleganccy i uprzejmi gospodarze tajemniczego pociągu, robią wszystko, aby wysłuchać i wesprzeć zagubione pasażerki, pomagając im przezwyciężyć codzienne zmartwienia. W lekkiej, ciepłej atmosferze każda przejażdżka staje się okazją do odkrycia odpowiedzi na dręczące je pytania oraz poznania nieznanych zakątków Tokio. Miracle☆Train: Ōedo-sen e Yōkoso to pogodna opowieść z delikatnym humorem, w której magia spotyka się ze współczesnością, a problemy dnia codziennego rozwiązują przystojni strażnicy niezwykłego pociągu.

