Jest rok 0083 uniwersalnego kalendarza. Niedługo po zakończeniu Wojny Jednorocznej konflikt między Federacją Ziemską a niedobitkami Księstwa Zeon nadal tli się w ukryciu. Byli żołnierze Zeonu przygotowują śmiały atak w celu zemsty na Federacji. Młody pilot Federacji, Kou Uraki, zostaje mimowolnie wciągnięty w wir wojny, gdy grupa renegatów Zeonu przechwytuje prototypowy mobilny pancerz Gundam GP02 wyposażony w głowicę nuklearną. Kou, pilotujący nowoczesny Gundam GP01, wraz ze swoimi towarzyszami musi powstrzymać zagrożenie i odzyskać skradzioną broń. W miarę rozwoju konfliktu, bohaterowie zmagają się nie tylko z przeciwnikiem, lecz także z moralnymi dylematami, lojalnością oraz konsekwencjami wojny, dostrzegając, iż linia oddzielająca bohaterstwo od zdrady staje się wyjątkowo cienka. Klimat serii jest mroczny, dramatyczny i intensywny, podkreślając trudne wybory żołnierzy po obu stronach frontu oraz bezsensowność niekończącego się konfliktu.