Jest rok 0123 Universal Century. Minęły trzydzieści lat od zakończenia ostatniej wojny, a Federacja Ziemska cieszy się względnym pokojem. Jednak ta stabilność zostaje nagle przerwana, gdy militarystyczna organizacja Crossbone Vanguard rozpoczyna atak na kolonię kosmiczną Frontier IV. W chaosie konfliktu młody student Seabook Arno wraz ze swoimi przyjaciółmi próbuje uciec z oblężonej kolonii. W wyniku dramatycznych wydarzeń Seabook przypadkowo odkrywa potężny mobilny pancerz, Gundam F91, stworzony przez jego własną matkę.
Wciągnięty w wojnę, której nie pragnął, Seabook musi zmierzyć się z brutalnością świata dorosłych, walcząc o bezpieczeństwo swoich bliskich oraz przyszłość kolonii. Mobile Suit Gundam F91 to historia pełna akcji, dramatycznych wyborów oraz refleksji nad szansą pojednania i wartością ludzkiego życia pośród chaosu wojny.
