Jest rok 0087 Universal Century. Po zakończeniu konfliktu zwanego Jednoroczną Wojną, Federacja Ziemska ustanowiła elitarną grupę zwaną Tytanami, której zadaniem jest utrzymywanie porządku i tłumienie wszelkiej działalności separatystycznej w koloniach kosmicznych. Z czasem jednak metody Tytanów stają się coraz bardziej represyjne, budząc frustrację i opór ludzi zamieszkujących kolonie. W odpowiedzi powstaje grupa oporu – Anti-Earth Union Group (AEUG).
Historia skupia się na młodym pilocie imieniem Kamille Bidan, który przypadkowo zostaje uwikłany w rosnący konflikt. Kierując potężnym prototypowym Mobile Suitem – Zeta Gundamem, Kamille staje się kluczową postacią rozgrywającego się dramatu wojennego. Stając naprzeciw Tytanom oraz własnym emocjonalnym rozterkom, chłopak musi dorosnąć i odnaleźć swoje miejsce w ogarniętym walką świecie.
„Mobile Suit Zeta Gundam” to mroczniejsza kontynuacja oryginalnej serii Gundam, przedstawiająca złożone charaktery bohaterów, polityczne intrygi oraz realistyczny obraz wojennych tragedii.
