„Monochrome Factor” to opowieść o licealiście, Akira Nikaido, który prowadzi typowe leniwe życie. Wszystko zmienia się, gdy spotyka tajemniczego Shirogane, który twierdzi, że są przeznaczeni być razem. Akira jest zszokowany i nie wierzy ani słowa, dopóki nie jest zaatakowany przez potwora ze świata cieni. Shirogane przekonuje go, że musi stać się „shin” – stworzeniem ze świata cieni, aby przywrócić równowagę między ludzkim światem a światem cieni. W anime dostrzegalne są motywy shonen-ai, których brakuje w mandze.