Minęło wiele lat od momentu, kiedy tajemnicze zjawisko sprawiło, że nad Tokio pojawiło się lewitujące miasto, oddzielające się od ziemi wśród chmur. Obecnie mieszkańcy metropolii, zarówno ci pozostali na dole, jak i żyjący ponad chmurami, prowadzą życia oddzielone niewidzialną granicą.

Głównym bohaterem jest Kanata, zwyczajny licealista prowadzący spokojne życie na powierzchni, licząc, że nadejdą zmiany, które nadadzą jego codzienności znaczenie. Pewnego dnia spotyka dziewczynę o imieniu Sora, pochodzącą właśnie z unoszącego się w przestworzach miasta. Spotkanie to zmieni losy obojga bohaterów, gdyż Tokio staje w obliczu niebezpieczeństwa, mogącego zagrozić całemu światu.

Kanata i Sora będą musieli stawić czoła potężnym stworom oraz odkryć prawdę o kryjącej się za lewitującym miastem zagadce. „Monster Strike the Movie: Sora no Kanata” łączy dynamiczną akcję, widowiskową animację oraz emocjonalną historię o przyjaźni, odwadze i poszukiwaniu własnego miejsca na świecie.