„W „Moyashimon Returns”, drugi sezon kontynuuje historię dokładnie tam, gdzie skończyła się poprzednio. Piwnica fermentacyjna i laboratorium profesora Itsukiego jest gotowe do działania. Dzięki unikalnemu darowi Sawakego Tadayasu – zdolności do komunikacji z mikrobami – barwna grupa studentów Itsukiego rozpoczyna proces tworzenia różnych fermentowanych produktów, takich jak sos sojowy czy sake.”