„Musaigen no Phantom World” to fascynujący świat, w którym duchy i youkai, kiedyś uważane za nieistniejące, odsłaniają swoją obecność dzięki wpływowi wirusa na ludzkie mózgi. Nastolatkowie zdobywają dzięki temu wyjątkowe zdolności do walki z tymi zagrożeniami. Haruhiko Ichijou, który potrafi przywoływać i pieczętować duchy za pomocą rysunków, oraz Mai Kawakami, która łączy moce elementów ze sztukami walki, są członkami zespołu E z Akademii Hosea, który zajmuje się radzeniem sobie z tymi często psotnymi bytami.