W świecie shinobi napięcie gwałtownie wzrasta, gdy nagle zaczynają znikać ninja obdarzeni unikalnymi Kekkei Genkai. Podejrzenia państw skupiają się na Wiosce Liścia, która zostaje obwiniona za tajemnicze porwania. W odpowiedzi na narastający konflikt Kakashi Hatake opuszcza wioskę, aby zapobiec wojnie, jednak jego dziwne zachowanie wywołuje podejrzenia.
Naruto Uzumaki, nieugięty młody shinobi, odmawia zaakceptowania decyzji swojego nauczyciela i wraz z przyjaciółmi ryzykuje wszystko, by odkryć prawdę i sprowadzić Kakashiego z powrotem. Po drodze bohaterowie muszą stawić czoła własnym wątpliwościom oraz ocalić przyjaźń i wzajemne zaufanie, które zaczynają się chwiać. W filmie pełnym dynamicznych walk, emocjonujących decyzji i przesłania o przyjaźni pojawia się kluczowe pytanie: czym naprawdę jest dziedzictwo Woli Ognia, którą dzielą wszyscy ninja z Liścia?
