Naruto zostaje niesłusznie oskarżony o atak na lidera Wioski Ukrytej w Chmurze oraz zabójstwo shinobi z sąsiednich krajów. W wyniku tych zarzutów trafia do więzienia Houzukijou, znanego jako „Więzienie Krwi”. W ponurym i strzeżonym przez potężne techniki miejscu, chakra więźniów jest surowo ograniczona, co niemal całkowicie uniemożliwia ucieczkę. Aby odzyskać wolność i oczyścić swoje imię, Naruto musi zmierzyć się nie tylko z niebezpiecznymi współwięźniami, ale także rozwiązać mroczny sekret skrywany przez samą placówkę. Wkrótce bohater odkrywa, że więzienie to miejsce spisku o ogromnej skali, a czas, by ujawnić prawdę, błyskawicznie się kończy. Film „Blood Prison” oferuje dynamiczną akcję, emocjonujące starcia oraz mroczny, pełen napięcia klimat, odróżniający się od klasycznych przygód Naruto.
