Film kontynuuje historię Takashiego Natsume, chłopaka obdarzonego niezwykłą mocą widzenia istot nadprzyrodzonych z mitologii japońskiej. Wychowany przez różnych krewnych, Natsume stara się wieść spokojne życie w równowadze między światem ludzi i duchów, przy jednoczesnej próbie zrozumienia tajemnic odziedziczonego po babce „Księgi Przyjaciół”. Pewnego dnia poznaje Yorie Tsumurę, kobietę, która znała jego babcię Reiko. Spotkanie to prowadzi Natsumego ku głębszym refleksjom o więziach rodzinnych, przemijaniu i subtelnej granicy, jaka oddziela go od świata yokai. W atmosferze melancholii i ciepła, chłopak wraz z wiernym kompanem, duchem Nyanko-sensei, odkrywa wzruszające historie przeszłości i stawia czoła ulotności życia oraz międzyludzkich relacji.
