„Nerawareta Gakuen” to historia o codzienności Kenji’ego Seki, która doświadcza radykalnej zmiany po przybyciu tajemniczego ucznia przeniesionego, Ryouichi Kyougoku. Kenji, żyjący dotąd beztroskim życiem, skupiając się na swoich uczuciach do Kahori Harukawa, musi zmierzyć się z nowym, zagadkowym uczniem, który zdobywa popularność oraz serce Kahori. Kiedy Natsuki, jego sąsiadka i przyjaciółka z dzieciństwa, staje się dystansowana w obliczu jego uczuć, życie Kenji’ego staje na głowie. „Nerawareta Gakuen” pokazuje, jak dawniej typowi licealiści, stali się zaangażowani w świat nadprzyrodzony.