Wraz z postępami wojny z maszynami, dowództwo YoRHa i Ruch Oporu szykują się do ostatecznej ofensywy przeciwko „Machine Lifeforms” – zbrojnym robotom, które opanowały powierzchnię Ziemi. W tym czasie jednostki androidów, YoRHa 9S i YoRHa 2B, kontynuują swoją niebezpieczną misję zwiadowczą, starając się rozwikłać zagadki nie tylko dotyczące wroga, ale także ich własnej roli i lojalności wobec siebie oraz zwierzchników. Pokonanie bezwzględnych Adama i Ewy nie oznacza jednak końca zagrożenia. Z mroku wyłania się tajemnicza „Czerwona Dziewczyna”, uważnie obserwująca poczynania androidów, czekając na idealny moment do ataku.
Druga część serii NieR:Automata Ver1.1a zabiera widzów w ponure, postapokaliptyczne realia walki o przetrwanie, eksplorując granice tożsamości, emocji i moralności w zimnym świecie pogrążonym w wojnie. Z każdym krokiem narasta napięcie, a bohaterowie muszą zmierzyć się nie tylko z przeciwnikiem, ale także z własnymi wątpliwościami i przeznaczeniem, od którego nie sposób uciec.
