Pewnego letniego dnia chłopiec imieniem Yuta odwiedza miejsce, gdzie rok wcześniej stracił ojca. Podczas nagłej burzy Yuta wpada do rzeki, lecz zostaje ocalony przez tajemniczego staruszka, który daje mu magiczny kamień. Gdy wraca do świadomości, okazuje się, że trafił trzydzieści lat w przeszłość, do lat 70. ubiegłego wieku. W sielskiej, pełnej przyrody wiosce Yuta poznaje nowych przyjaciół, doświadcza pierwszych uczuć i przeżywa niezapomniane lato w świecie, którego już nie ma. Wkrótce jednak chłopak uświadamia sobie, że czas się kończy, a magiczne lato nie może trwać wiecznie. „Nijiiro Hotaru: Eien no Natsuyasumi” to ciepła, nostalgiczna opowieść o wakacyjnych przyjaźniach, dorastaniu oraz ulotności cudownych chwil dzieciństwa, które pozostają w pamięci na całe życie.
