Shinobu – młoda, pełna energii dziewczyna, która marzy o byciu pełnoprawnym ninja – opuszcza ukrytą w lesie akademię ninja, aby przejść wymagającą próbę. Jej misję komplikuje jednak fakt, że Shinobu jest naiwna i wyjątkowo niezdarna, a szkoła ninja, do której uczęszcza, słynie głównie z absurdalnych i nietypowych metod nauczania. Jej przygody zaczynają się, gdy przypadkiem spotyka zwyczajną uczennicę, Kaede Shiranui, której zwyczajne życie wywraca się do góry nogami wskutek niespodziewanej znajomości z aspirującą, acz chaotyczną kunoichi.
„Ninin ga Shinobuden” to komediowa parodia anime o ninja, przepełniona specyficznym, absurdalnym humorem, często zakraczającym o slapstick. Fabuła skupia się na perypetiach Shinobu i Kaede, które wplątują się w dziwaczne sytuacje, spotykają ekscentrycznych bohaterów oraz mierzą się z niedorzecznymi wyzwaniami codziennego życia shinobi.
