Kenichi Mitsuba to zwyczajny chłopiec uczęszczający do szkoły podstawowej w Tokio, którego życie zupełnie się zmienia, gdy spotyka ninja Hattoriego – młodego wojownika o wyjątkowych zdolnościach, przybyłego z górskiej wioski ninja. Hattori pragnie zdobyć doświadczenie w świecie zwykłych ludzi, ale szybko okazuje się, że codzienne życie w wielkim mieście może być równie trudne, jak misje ninja. Wkrótce on i Kenichi stają się nierozłącznymi przyjaciółmi, przeżywającymi razem wiele zabawnych przygód, które mieszają ninjutsu z problemami szkolnymi i rodzinnymi. Komediowy ton serialu wynika często z kontrastu między regularnym, miejskim stylem życia a tradycyjnymi ninja metodami Hattoriego. Chociaż przyjaźń między bohaterami jest silna, niejednokrotnie zostaje wystawiona na próbę przez różnego rodzaju nieporozumienia i rywalizację, zwłaszcza gdy pojawiają się inni ninja oraz ekscentryczni znajomi. „Ninja Hattori-kun” to pełna humoru, ciepła opowieść o przyjaźni, odwadze i pokonywaniu codziennych trudności.
