„Onegai☆Twins” to historia o Maiku Kamishiro, którego przeszłość zawsze była dla niego tajemnicą. Jego jedynym tropem jest stara fotografia, na której są dwójka dzieci – chłopiec i dziewczynka – bawiące się przy niebieskim domu. W poszukiwaniu swojej rodziny, przeprowadza się do tego domu i zaczyna pracować jako programista. Jego spokojne życie zakłócają dwie bardzo różne dziewczyny, które pojawiają się u niego z drzwiami. Obydwie mają tę samą fotografię i twierdzą, że są jego siostrami bliźniaczkami. Bez dowodów na to, która z nich jest spokrewniona, a która jest obcą, Maiku pozwala obu dziewczynom zamieszkać z nim, dopóki nie dowiedzą się prawdy.