„Onegai Patron-sama!” to opowieść skoncentrowana na duetach bohaterów zwanych „Patraisers”, składających się z „Sugar” i ich wspierającego „Patrona”. Zespoły Patraiser „ożywiają zamrożone serca ludzi”. Główny wątek skupia się na jednym z par Patraiser, składającym się z Sugar Asahi Yuga i jego Patronie Ryouya Nekoyashiki. Boczne historie rzucają światło na ich codzienne życie, a także na pozostałe postaci.