Introwertyczna licealistka Kuroe Akaishi stara się pozostać niewidoczna w tłumie – do dnia, w którym zaczyna z nią rozmawiać Arata Minami, pogodny i popularny chłopak z jej klasy. Ciepłe, szczere zainteresowanie ze strony Minamiego wywołuje w Kuroe pierwsze prawdziwe zauroczenie… oraz coś znacznie bardziej niebezpiecznego. Gdy jej zawstydzenie i emocje wymykają się spod kontroli, ciało Kuroe zaczyna porastać potwornymi wyrostkami, a ona sama przeobraża się w gigantycznego kaijuu, który może zagrozić całej Japonii.
W świecie, gdzie nagłe pojawienie się tajemniczego monstrum budzi panikę władz i mediów, serce nieśmiałej dziewczyny staje się potencjalną bronią masowego rażenia. Otome Kaijuu Caraméliser łączy komedię romantyczną z motywami kaijuu, przedstawiając dojrzewanie, pierwszą miłość i akceptację siebie jako zjawiska równie przerażające, co fascynujące. Centralnym konfliktem jest walka Kuroe z własnym kompleksem „potworności” oraz pytanie, czy Minami zaakceptuje ją w pełni – zarówno jako cichą dziewczynę z ławki, jak i kolosalnego potwora rodzącego się z jej uczuć.
